Prezbiterium to najważniejsza część w świątyni. Tutaj znajduje się główny ołtarz, Tabernakulum oraz stół ofiarny, przy którym sprawowana jest Eucharystia. Prezbiterium otoczone jest smukłymi filarami wspierającymi arkady o ostrych łukach. Prezbiterium zostało przebudowane wiosną 2005 roku. Zakres prac objął wydłużenie wgłąb nawy głównej o jeden filar, podwyższenie posadzki i wymianę powierzchni z drewnianej na kamienną. Zbudowany też został nowy, kamienny stół ofiarny i pulpit. Ponadto włoska firma "Ars Sacra" Ferdinanda Stuflessera wykonała nowe drewniane meble w Prezbiterium: m.in. tron biskupi, miejsce przewodniczenia oraz stalle kanonickie. Nawiązują one do architektury ołtarza głównego. Ciekawostką jest fakt, że ta sama firma w 1912 roku wykonała ołtarz główny. Remont i malowanie Prezbiterium wykonane zostały wiosną 2009 roku.